Technologie w skali genomowej

obowiązkowe

Zaznajomienie z nowoczesnymi metodami analiz wielkoskalowych na poziomie genomu, transkryptomu i proteomu (na poziomie eksperymentalnym i bioinformatycznym), opartymi na ich wynikach podejściami teoretycznymi, stosowanymi dziś powszechnie w różnych dziedzinach biologii i medycyny.

1. wprowadzenie - Tradycyjne metody odczytywania sekwencji: DNA (Sanger), RNA (EST i mikromacierze) i peptydów (degradacja Edmana) LAB: wprowadzenie do laboratorium

2. Sekwencjonowanie nowej generacji DNA, metodologie, przygotowanie bibliotek i kontrola jakości

LAB: kontrola jakości, filtrowanie i przycinanie odczytów

3. Mapowanie odczytów DNA na genomy LAB: mapowanie odczytów w praktyce

4. Sekwencjonowanie metylomów DNA, metoda bisulfite sequencing, LAB: mapowanie odczytów BiSulfite-Seq, wykrywanie miejsc metylowanych

5. Sekwencjonowanie RNA LAB: zliczanie odczytów dla genów i transkryptów, ekspresja różnicowa

6. Modyfikacje histonów i ChIP-Seq LAB: znajdowanie obszarów wzbogaconych w sygnale ChIP-Seq

7. Wykrywanie polimorfizmów z NGS, LAB: wykrywanie polimorfizmów w danych NGS

8. metagenomika LAB: przypisywanie odczytów metagenomicznych do organizmów/kladów

9. proteomika MS, wprowadzenie, LAB: Wyszukiwanie znanych peptydów w widmie MS

10. proteomika ilościowa, LAB: oznaczanie różnicowe próbek MS

11. Sieci interakcji genów i anotacja funkcjonalna

LAB: wizualizacja sieci interakcji genów

12. Kolokwium

13. Składanie sekwencji na podstawie odczytów NGS, LAB: Asemblacja de novo kontigów z danych NGS

14. Metody Sekwencjonowania RNA z pojedyńczych komórek. LAB: analiza danych scRNASeq

Next-generation Sequencing: Current Technologies and Applications Jianping Xu (Redaktor)

Bioinformatics and Functional Genomics Wyd. 3 Jonathan Pevsner

Uzyskanie umiejętności analizy danych pochodzących z technologii wielkoskalowych i syntezy wyników w kontekście problemu biologicznego (K_U20)

Kolokwium pisemne (50%) + projekt (50%) -> próg dopuszczenia do egzaminu wynosi 60%

Egzamin ustny.