Molecular techniques of RNA analysis
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | 1400-225ZMTA-en |
Kod Erasmus / ISCED: |
13.104
|
Nazwa przedmiotu: | Molecular techniques of RNA analysis |
Jednostka: | Wydział Biologii |
Grupy: |
Przedmioty DOWOLNEGO WYBORU Przedmioty obieralne na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka Przedmioty specjalizacyjne, BIOTECHNOLOGIA, BIOTECHNOLOGIA MOLEKULARNA, II stopień |
Strona przedmiotu: | https://igib.uw.edu.pl/index.php/start2/dydaktyka/fakultety-dla-studentow-i-i-ii-stopnia/molekularne-techniki-analizy-rna/ |
Punkty ECTS i inne: |
9.00
|
Język prowadzenia: | angielski |
Kierunek podstawowy MISMaP: | biologia |
Rodzaj przedmiotu: | fakultatywne |
Skrócony opis: |
Przedmiot jest skierowany do studentów wszystkich kierunków Wydziału Biologii UW oraz MISMaP, zainteresowanych metabolizmem RNA oraz nowoczesnymi, molekularnymi technikami wykorzystywanymi w badaniu RNA. |
Pełny opis: |
1. Podstawy pracy z RNA. Izolacja RNA z drożdży i z roślin. 2. Ocena jakości RNA. Rozdział w żelach. Radioizotopowe i fluorescencyjne metody detekcji RNA. Detekcja miRNA u roślin - wprowadzenie. Detekcja miRNA u roślin, technika Northern-blot (1) z rozdziałem RNA w żelu poliakrylamidowym. 3. Technika Northern-blot (1): hybrydyzacja z sondą oligonukleotydową znakowaną biotyną. Płukania, skan i analiza wyników. Wykrywanie transkryptów CUT u drożdży: technika Northern-blot (2) z rozdziałem RNA w żelu agarozowym. 4. Detekcja CUT u drożdży: znakowanie sondy metodą "asymetryczny PCR" i hybrydyzacja. Analiza obrazu w nauce. 5. Detekcja CUT u drożdży: omówienie wyników hybrydyzacji Northern-blot (2). Analiza końców 3' małych jąderkowych RNA (snoRNA) przy pomocy cRT-PCR. Cięcie Rnazą H dupleksów RNA-oligonukleotyd i ligacja (cyrkularyzacja) RNA. 6. Analiza końców 3' snoRNA: RT + PCR. 7. cRT-PCR: rozdział produktów w żelu i omówienie ich sekwencjonowania. Wykrywanie mRNA metodą RT-qPCR. Projektowanie starterów do qPCR - teoria i praktyka. Konkurs na najwydajniejszą parę starterów, tzn. każdy student zaprojektuje przynajmniej 1 parę starterów, która zostanie zamówiona i przetestowana na następnych zajęciach. 8. Przeprowadzenie reakcji qPCR: testowanie zaprojektowanych starterów dla wybranych genów. 9. Analiza wyników reakcji qPCR. Eksploracyjna analiza danych transkryptomicznych - wprowadzenie. 10. Oznaczenia biochemiczne aktywności enzymów degradujących RNA. Analiza aktywności rybonukleolitycznych różnych wersji białka Dis3 - głównej podjednostki katalitycznej kompleksu egzosomu; badanie wrażliwości aktywności egzorybonukleolitycznej 5'-3' białka Xrn1 na status fosforylacji końca 5' substratu; reakcje degradacji syntetycznych oligonukleotydów RNA znakowanych fluorescencyjnie, rozdział produktów reakcji w denaturującym żelu poliakryloamidowym. 11. Eksploracyjna analiza danych transkryptomicznych i translatomicznych pochodzących z eksperymentów opartych na RNA-seq - ćwiczenia bioinformatyczne. 12. EMSA. Oddziaływania białka - kwasy nukleinowe. Wiązania drożdżowego białka Nsi1 z rDNA. Fluorescencyjny "gel-shift" (inkubacja prób, rozdział w natywnym żelu poliakrylamidowym, skan). 13. Prezentacje studentów na zaliczenie ćwiczeń. |
Literatura: |
Skrypt do zajęć oraz podręczniki „Genomy” T. Brown, „Genetyka molekularna” red. P. Węgleński, „Podstawy biologii molekularnej” L. A. Allison; literatura uzupełniająca: publikacje naukowe (doświadczalne i przeglądowe) wskazane w trakcie zajęć przez prowadzących; „Molecular Cloning: A Laboratory Manual” J. Sambrook i D. Russel 3-cia edycja lub 4-ta edycja M. R. Green and J. Sambrook. |
Efekty uczenia się: |
Ma wiedzę na temat metabolizmu RNA u Eukariota. Zna etapy ekspresji różnych klas RNA, ze szczególnym naciskiem na procesy współ- i po-transkrypcyjne, potrafi podać przykłady oddziaływań RNA - białko oraz zaangażowania cząsteczek RNA w procesy fizjologiczne. Ma wiedzę dotyczącą enzymów modyfikujących RNA. Posiada wiedzę teoretyczną i praktyczną pozwalającą na interpretowanie zjawisk i procesów związanych z metabolizmem RNA w oparciu o wyniki doświadczalne. Samodzielnie planuje i przeprowadza podstawowe typy doświadczeń. Zna słownictwo dot. metabolizmu RNA zarówno w jęz. polskim jak i angielskim, potrafi komunikować się i podejmować dyskusję na tematy związane z metabolizmem RNA. Zna teoretyczne podstawy technik molekularnych wykorzystywanych do badania RNA, w stopniu pozwalającym na zrozumienie publikacji naukowych z tej dziedziny. Potrafi krytycznie analizować otrzymane dane i je rzetelnie prezentować, co przyczynia się do podtrzymywania etosu zawodowego i rozwija zasady etyki zawodowej. Językowe efekty uczenia się: Wykorzystuje w sposób biegły naukowe i popularnonaukowe teksty biologiczne w języku ojczystym i angielskim oraz komunikuje się w języku angielskim na poziomie B2+ (K_U03 Bi2). Posiada umiejętność przygotowania i wygłoszenia wystąpień ustnych w języku polskim i angielskim, zgodnie z wymaganiami określonymi dla poziomu B2+ (K_U11 Bi2). Wykazuje umiejętność posługiwania się językiem nowożytnym (angielskim) w stopniu umożliwiającym korzystanie z literatury naukowej i komunikację z cudzoziemcami (K_U02 Bt2). |
Metody i kryteria oceniania: |
Warunki zaliczenia ćwiczeń: - zajęcia zaliczone mogą być jedynie, jeśli student uczestniczył w nie mniej jak 85% zajęć, - ćwiczenia zaliczane są na ocenę, na którą składają się punkty uzyskane za prezentacje przedstawiane przez studentów, dotyczące publikacji naukowych, w których stosowano techniki badania RNA (waga w końcowej ocenie - 2/3) oraz punkty uzyskane z prac domowych (waga w końcowej ocenie - 1/3), - temat końcowej prezentacji student wybiera spośród propozycji prowadzących, ewentualnie student sam może zaproponować publikację ale wybór zawsze musi być zatwierdzony przez koordynatora, - prezentacje w stylu otwartym, tzn. dopuszczamy pytania w trakcie prezentacji ze strony prowadzących jak i pozostałych uczestników kursu. Warunki egzaminu końcowego z całego przedmiotu: - przedmiot zaliczany jest na ocenę, - do egzaminu może przystąpić jedynie student, który zaliczył ćwiczenia, - egzamin testowy: test jednokrotnego wyboru (4 warianty odpowiedzi na każde pytanie), - aby zaliczyć egzamin student musi uzyskać nie mniej niż 50% punktów. |
Praktyki zawodowe: |
Nie są wymagane. |
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2023/24" (zakończony)
Okres: | 2023-10-01 - 2024-01-28 |
Przejdź do planu
PN LAB
WT ŚR CZ LAB
PT WYK
|
Typ zajęć: |
Laboratorium, 60 godzin
Wykład, 30 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Michał Koper | |
Prowadzący grup: | Łukasz Borowski, Anna Golisz-Mocydlarz, Michał Koper, Joanna Kufel, Rafał Tomecki, Monika Zakrzewska-Płaczek | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: |
Przedmiot -
Egzamin
Laboratorium - Zaliczenie na ocenę Wykład - Egzamin |
|
Uwagi: |
Warunki przyjęcia na zajęcia Pierwszeństwo w przyjmowaniu mają studenci I roku studiów MU w szczególności studenci wykonujący prace magisterskie lub licencjackie w Instytucie Genetyki i Biotechnologii UW. Wymagane przedmioty - dla studentów I roku studiów MU: 1. Genetyka z inżynierią genetyczną D” (1400-114GEN); 2. Genetyka molekularna (1400-215GEBM) lub Biologia molekularna (1400-215BM) lub Biologia molekularna roślin (1400-216MR). Wymagane jest podanie ocen z powyższych przedmiotów (zaliczenia i egzaminu). Wymagane przedmioty - dla studentów III roku studiów I stopnia (licencjackich): 1. Genetyka z inżynierią genetyczną D (1400-114GEN); 2. Biochemia D (1400-113BCH). Wymagane jest podanie ocen z powyższych przedmiotów (zaliczenia i egzaminu). Informację o ocenie/ocenach i/lub preferencjach grup zajęciowych należy uzupełnić na załączonym formularzu: https://forms.gle/Jm6BzmqkMu7WQy1h7 |
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2024/25" (w trakcie)
Okres: | 2024-10-01 - 2025-01-26 |
Przejdź do planu
PN LAB
WT ŚR CZ LAB
PT WYK
|
Typ zajęć: |
Laboratorium, 60 godzin
Wykład, 30 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Michał Koper | |
Prowadzący grup: | Łukasz Borowski, Anna Golisz-Mocydlarz, Michał Koper, Joanna Kufel, Rafał Tomecki, Monika Zakrzewska-Płaczek | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: |
Przedmiot -
Egzamin
Laboratorium - Zaliczenie na ocenę Wykład - Egzamin |
|
Uwagi: |
Warunki przyjęcia na zajęcia Pierwszeństwo w przyjmowaniu mają studenci I roku studiów MU w szczególności studenci wykonujący prace magisterskie lub licencjackie w Instytucie Genetyki i Biotechnologii UW. Wymagane przedmioty - dla studentów I roku studiów MU: 1. Genetyka z inżynierią genetyczną D” (1400-114GEN); 2. Genetyka molekularna (1400-215GEBM) lub Biologia molekularna (1400-215BM) lub Biologia molekularna roślin (1400-216MR). Wymagane jest podanie ocen z powyższych przedmiotów (zaliczenia i egzaminu). Wymagane przedmioty - dla studentów III roku studiów I stopnia (licencjackich): 1. Genetyka z inżynierią genetyczną D (1400-114GEN); 2. Biochemia D (1400-113BCH). Wymagane jest podanie ocen z powyższych przedmiotów (zaliczenia i egzaminu). Informację o ocenie/ocenach i/lub preferencjach grup zajęciowych należy uzupełnić na załączonym formularzu: https://forms.gle/LkQQrfZxFgq1bxzcA |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski, Wydział Nauk Ekonomicznych.