Wstęp do bioinformatyki 2

obowiązkowe

Wykład oraz towarzysząca pracownia komputerowa przeznaczone są dla studentów drugiego roku makrokierunku „Bioinformatyka i biologia systemów” oraz dla trzeciego roku „Projektowania molekularnego i bioinformatyki”. Dają podstawy zastosowań informatyki i nauk obliczeniowych do analizy białek, projektowania leków, analizy obrazowej oraz wstępu do biologii systemów.

Wykład oraz towarzysząca pracownia dają podstawy zastosowań informatyki i nauk obliczeniowych do analizy białek, projektowania leków, analizy obrazowej oraz wstępu do biologii systemów. Ramowy program jest następujący:

1. Struktury biopolimerów. Grafika molekularna – narzędzia

2. Metody symulacji (MM, MC, MD, BD, etc)

3. Zwijanie białek (jako proces)

4. Modelowanie struktur białek

5. Oddziaływania białko-białko i sieci oddziaływań

6. Podstawy projektowania leków.

7. OMIKi i analiza danych eksperymentalnych pochodzących z –omik

8. Literature mining

9. Systems biology (idea)

10. Analiza informacji obrazowej

Bioinformatics and Functional Genomics, Jonathan Pevsner

Bioinformatyka: Podrêcznik do analizy genów i bia³ek, Andreas D. Baxevanis, B. F. Francis Ouellette, T³umaczenie: M. Cebrat, J. Leluk, P. Mackiewicz, PWN, Warszawa, 2005 (8301142111), lub póŸniejsze wydania

Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, Andreas D. Baxevanis, B. F. Francis Ouellette, Willey, (ISBN: 978-0-471-47878-2), lub póŸniejsze wydania

DNA. Tajemnica ¿ycia, J. D. Watson i A. Berry, wyd: CiS oraz W.A.B, Warszawa, 2005 (ISBN 83-7414-007-0)

DNA. The secret of life, J. D. Watson and A. Berry, wyd: A. F. Knopf, New York, 2003 (ISBN 0-375-41546-7)

Efekty kształcenia ? umiejętności i kompetencje: Studenci biegle i ze zrozumieniem posługują się podstawowymi narzędziami bioinformatycznymi dostępnymi w pakietach programów oraz w postaci serwisów internetowych.