Uniwersytet Warszawski, Wydział Nauk Ekonomicznych - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Technologie w skali genomowej

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1000-715TSG
Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Technologie w skali genomowej
Jednostka: Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
Grupy: Przedmioty obowiązkowe dla III roku bioinformatyki
Punkty ECTS i inne: 4.50 Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.

zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Rodzaj przedmiotu:

obowiązkowe

Skrócony opis:

Zaznajomienie z nowoczesnymi metodami analiz wielkoskalowych na poziomie genomu, transkryptomu i proteomu (na poziomie eksperymentalnym i bioinformatycznym), opartymi na ich wynikach podejściami teoretycznymi, stosowanymi dziś powszechnie w różnych dziedzinach biologii i medycyny.

Pełny opis:

1. wprowadzenie - Tradycyjne metody odczytywania sekwencji: DNA (Sanger), RNA (EST i mikromacierze) i peptydów (degradacja Edmana) LAB: wprowadzenie do laboratorium

2. Sekwencjonowanie nowej generacji DNA, metodologie, przygotowanie bibliotek i kontrola jakości

LAB: kontrola jakości, filtrowanie i przycinanie odczytów

3. Mapowanie odczytów DNA na genomy LAB: mapowanie odczytów w praktyce

4. Sekwencjonowanie metylomów DNA, metoda bisulfite sequencing, LAB: mapowanie odczytów BiSulfite-Seq, wykrywanie miejsc metylowanych

5. Sekwencjonowanie RNA LAB: zliczanie odczytów dla genów i transkryptów, ekspresja różnicowa

6. Modyfikacje histonów i ChIP-Seq LAB: znajdowanie obszarów wzbogaconych w sygnale ChIP-Seq

7. Wykrywanie polimorfizmów z NGS, LAB: wykrywanie polimorfizmów w danych NGS

8. metagenomika LAB: przypisywanie odczytów metagenomicznych do organizmów/kladów

9. proteomika MS, wprowadzenie, LAB: Wyszukiwanie znanych peptydów w widmie MS

10. proteomika ilościowa, LAB: oznaczanie różnicowe próbek MS

11. Sieci interakcji genów i anotacja funkcjonalna

LAB: wizualizacja sieci interakcji genów

12. Kolokwium

13. Składanie sekwencji na podstawie odczytów NGS, LAB: Asemblacja de novo kontigów z danych NGS

14. Metody Sekwencjonowania RNA z pojedyńczych komórek. LAB: analiza danych scRNASeq

Literatura:

Next-generation Sequencing: Current Technologies and Applications Jianping Xu (Redaktor)

Bioinformatics and Functional Genomics Wyd. 3 Jonathan Pevsner

Efekty uczenia się:

Uzyskanie umiejętności analizy danych pochodzących z technologii wielkoskalowych i syntezy wyników w kontekście problemu biologicznego (K_U20)

Metody i kryteria oceniania:

Kolokwium pisemne (50%) + projekt (50%) -> próg dopuszczenia do egzaminu wynosi 60%

Egzamin ustny.

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2023/24" (zakończony)

Okres: 2023-10-01 - 2024-01-28
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Bartosz Wilczyński
Prowadzący grup: Bartosz Wilczyński
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2024/25" (jeszcze nie rozpoczęty)

Okres: 2024-10-01 - 2025-01-26
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Bartosz Wilczyński
Prowadzący grup: Bartosz Wilczyński
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski, Wydział Nauk Ekonomicznych.
ul. Długa 44/50
00-241 Warszawa
tel: +48 22 55 49 126 https://www.wne.uw.edu.pl/
kontakt deklaracja dostępności mapa serwisu USOSweb 7.0.4.0-3 (2024-06-10)