Molekularne podstawy enzymologii

obowiązkowe

W ramach wykładu studenci zapoznają się z budową białek enzymatycznych, mechanizmami katalizy oraz kinetyką enzymatyczną. W części laboratoryjnej zostaną przedstawione techniki i metody przydatne w pracy z enzymami w warunkach in vitro i in silico.

WYKŁAD:

Treści kształcenia: Podstawy termodynamiki chemicznej, budowa białek enzymatycznych, mechanizmy katalizy enzymatycznej, typy kinetyki reakcji enzymatycznych, rodzaje reakcji katalitycznych i klasyfikacja enzymów, błonowe układy bioenergetyczne.

ĆWICZENIA:

W skład zajęć wchodzą następujące zadania rachunkowe, laboratoryjne i komputerowe:

1.Przeliczenia biochemiczne i enzymatyczne. Podstawy spektrofotometrii

2. Podstawy symulacji reakcji chemicznych i enzymatycznych przy użyciu programów komputerowych

3. Podstawy pomiarów reakcji enzymatycznych. Oznaczanie aktywności aminotransferaz w surowicy krwi królika.

4. Pomiary kinetyki enzymatycznej dla dehydrogenazy L-mleczanowej

5. Rachunkowe metody wyznaczania parametrów kinetycznych enzymów.

6. Hamowanie reakcji enzymatycznych – symulacje w programach komputerowych oraz analiza danych

7. Mechanizmy reakcji enzymatycznych – symulacje w programach komputerowych oraz analiza danych

8. Zastosowanie programów komputerowych do analizy budowy przestrzennej enzymów.

J.M Berg, J.L. Tymoczko, L. Stryer. Biochemia, Rozdziały 3,4, 8-10, PWN, Warszawa 2005

S. Strumiło, A. Tylicki. Enzymologia Podstawy, PWN, Warszawa 2020

A. Zgirski, R. Gondko Obliczenia Biochemiczne, PWN, Warszawa 1998

A. Cornish-Bowden. Fundamentals of Enzyme Kinetics, 4th Edition. Elsevier, 2014

https://iubmb.qmul.ac.uk

https://www.gepasi.org

https://copasi.org/

Wiedza:

*Student ma opanowaną wiedzę o budowie i funkcjonowaniu enzymów (K_W04)

*Student ma opanowaną wiedzę na temat podstaw fizykochemicznych katalizy enzymatycznej (K_W01)

Umiejętności:

*Student potrafi stosować podstawowe techniki i narzędzia badawcze w zakresie biologii  ze szczególnym uwzględnieniem biochemii, fizyki i biologii molekularnej (K_U02)

*Student potrafi opisywać systemy informatyczne i bioinformatyczne w sposób zrozumiały dla laika (K_U14)

Kompetencje:

*Student jest przygotowany do precyzyjnego formułowania pytań, służących pogłębieniu własnego zrozumienia danego tematu lub odnalezieniu brakujących elementów rozumowania (K_K02)

*Student jest przygotowany do samodzielnego wyszukiwania informacji w literaturze i zasobach internetowych, także w językach obcych (K_K03)

Sprawozdania z ćwiczeń oraz egzamin pisemny obejmujący wiedzę z wykładów